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計算タンパク質設計エキスパート

Turing

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この求人について

Turingについて

Turingは、世界をリードするAGIインフラ企業の1つであり、フロンティアAIラボと協力して、高品質なトレーニングデータ、評価、エンジニアリング人材を通じてモデル開発を加速させています。

職務概要:

フロンティアAIの科学的評価イニシアチブの一環として、タンパク質エンジニアリングのための高度な生成AIアプローチを探究・評価する、経験豊富な計算タンパク質設計の専門家を募集しています。

この職務では、デノボ(de novo)タンパク質生成、拡散モデルに基づく構造設計、タンパク質バインダーの開発、配列-構造の最適化を扱う、難度の高い科学的評価タスクを開発します。計算実験を自律的に実施し、AIが生成したタンパク質設計を評価し、タンパク質エンジニアリングにおける生成AIモデルの能力と限界を評価するための再現可能なベンチマークと技術的なプルーフ・オブ・コンセプトの成果を作成します。

業務内容:

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デノボタンパク質設計、ターゲット条件付きバインダー生成、モチーフスキャフォールディング、配列-構造の最適化を扱う、科学的に厳密な評価タスクを設計する。

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生成AIモデル、拡散モデルに基づくアプローチ、確立されたタンパク質エンジニアリングツールを用いて、計算タンパク質設計のワークフローを開発・実行する。

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タスクの入力、生物学的制約、期待される出力、評価基準、再現可能な実験プロトコルを定義する。

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AIが生成したタンパク質の配列と構造について、フォールディングの信頼度、構造安定性の予測、幾何学的妥当性、界面の品質、新規性、生物学的な妥当性を評価する。

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タンパク質のフォールディング、配列-構造の関係、タンパク質間相互作用を分析し、生成された設計の品質と実現可能性を評価する。

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モデルの性能を評価するための、客観的なスコアリングルーブリック、参照分析、計算による検証手法を開発する。

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モデルの限界、失敗事例、非現実的な構造予測、生成されたタンパク質設計に潜在する弱点を特定する。

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計算による予測と実験で検証された結果を区別し、科学的な前提と限界を文書化する。

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再現可能な評価ベンチマーク、計算分析レポート、技術ドキュメントを作成する。

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調査結果を簡潔な技術レポートにまとめ、科学分野のAI評価イニシアチブに向けたプルーフ・オブ・コンセプトのデモンストレーションに貢献する。

求める人物像:

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計算生物学、構造生物学、バイオインフォマティクス、生化学、タンパク質工学、またはそれに近い分野の博士号(取得済みまたは取得中)。

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計算タンパク質設計、タンパク質構造予測、分子モデリング、タンパク質エンジニアリングのうち、少なくとも1つの主要分野での実務経験。

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タンパク質のフォールディング、タンパク質の構造-機能の関係、分子間相互作用、配列-構造の最適化に関する深い理解。

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RFdiffusion、ProteinMPNN、AlphaFold、Rosetta、PyMOL、ChimeraXなどの計算タンパク質設計・構造解析ツールを実務で使いこなせること。

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Pythonの高度なプログラミングスキルがあり、計算生物学のワークフローを開発または実行した経験があること。

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FASTA、PDB、mmCIFなどのタンパク質の配列・構造データ形式を扱った経験。

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タンパク質構造を評価し、計算による予測を解釈し、生成された設計の科学的妥当性を判断できること。

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優れた分析力と問題解決力を持ち、実験の設計、結果の評価、技術的な限界の特定を自律的に行えること。

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科学的知見、評価方法、技術レポートを文書化するための、優れた文章コミュニケーション力。

歓迎スキル:

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生成AIまたは拡散モデルに基づくタンパク質設計モデル、特にRFdiffusionや類似のアプローチの経験。

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デノボタンパク質設計、タンパク質バインダー設計、モチーフスキャフォールディング、または酵素工学の実務経験。

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タンパク質の配列最適化、構造精密化、タンパク質間ドッキング、または計算による親和性評価の経験。

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計算スクリーニング、タンパク質設計のベンチマーキング、自動評価パイプラインへの精通。

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科学的評価タスク、スコアリングルーブリック、参照解答、または再現可能な計算ベンチマークの開発経験。

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AIが生成した生物学的構造、科学分野の基盤モデル、または生成型タンパク質設計システムの評価経験。

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計算タンパク質工学、分子シミュレーション、または構造バイオインフォマティクスに関する研究経験。

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計算生物学またはタンパク質設計における論文発表、研究への貢献、またはオープンソース開発の経験。

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AIトレーニング、科学モデルの評価、技術的なプルーフ・オブ・コンセプト開発、または共同研究の経験。

期待される成果物:

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明確に定義された入力、期待される出力、客観的なスコアリングルーブリックを含む、再現可能な計算タンパク質設計評価タスクの厳選コレクション。

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AIが生成したタンパク質設計の計算分析(構造の品質、生物学的な妥当性、モデルの限界、失敗事例を記録したもの)。

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評価結果をまとめた簡潔な技術レポート。科学分野のAI評価に関する潜在的なパートナーシップに向けたプルーフ・オブ・コンセプトのデモンストレーションを添えたもの。

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募集条件:

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必要なコミットメント:1日あたり最低4時間、週あたり40時間、PSTとの重複時間は4時間。

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雇用形態:業務委託契約(医療補償・有給休暇なし)

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契約期間:1か月;[開始予定日は来週]

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勤務地:インド、パキスタン、ナイジェリア、ケニア、エジプト、ガーナ、バングラデシュ、トルコ、メキシコ

スキル

生物学博士(PhD)バイオインフォマティシャン/計算生物学者
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