Over de functie
Over Turing
Turing is een van de toonaangevende AGI-infrastructuurbedrijven ter wereld en werkt samen met frontier-AI-labs om de modelontwikkeling te versnellen met hoogwaardige trainingsdata, evaluaties en engineeringtalent.
Overzicht van de functie:
We zoeken ervaren experts in computationeel eiwitontwerp om geavanceerde generatieve AI-benaderingen voor eiwitengineering te verkennen en te evalueren als onderdeel van een wetenschappelijk evaluatie-initiatief voor frontier-AI.
In deze functie ontwikkelt u uitdagende wetenschappelijke evaluatietaken rond de novo-eiwitgeneratie, op diffusie gebaseerd structuurontwerp, de ontwikkeling van eiwitbinders en sequentie-structuuroptimalisatie. U voert zelfstandig computationele experimenten uit, evalueert door AI gegenereerde eiwitontwerpen en ontwikkelt reproduceerbare benchmarks en technische proof-of-concept-resultaten om de mogelijkheden en beperkingen van generatieve AI-modellen in eiwitengineering te beoordelen.
Wat u gaat doen:
-
Wetenschappelijk rigoureuze evaluatietaken ontwerpen rond de novo-eiwitontwerp, doelgerichte binder-generatie, motif scaffolding en sequentie-structuuroptimalisatie.
-
Workflows voor computationeel eiwitontwerp ontwikkelen en uitvoeren met generatieve AI-modellen, op diffusie gebaseerde benaderingen en gevestigde tools voor eiwitengineering.
-
Taakinvoer, biologische randvoorwaarden, verwachte uitvoer, evaluatiecriteria en reproduceerbare experimentele protocollen definiëren.
-
Door AI gegenereerde eiwitsequenties en -structuren evalueren op vouwingszekerheid, voorspellingen van structurele stabiliteit, geometrische validiteit, interfacekwaliteit, nieuwheid en biologische plausibiliteit.
-
Eiwitvouwing, sequentie-structuurrelaties en eiwit-eiwitinteracties analyseren om de kwaliteit en haalbaarheid van gegenereerde ontwerpen te beoordelen.
-
Objectieve scoringsrubrics, referentieanalyses en computationele validatiemethoden ontwikkelen om de prestaties van modellen te evalueren.
-
Beperkingen van modellen, mislukte gevallen, onrealistische structuurvoorspellingen en mogelijke zwakke punten in gegenereerde eiwitontwerpen identificeren.
-
Computationele voorspellingen onderscheiden van experimenteel gevalideerde resultaten en wetenschappelijke aannames en beperkingen documenteren.
-
Reproduceerbare evaluatiebenchmarks, computationele analyserapporten en technische documentatie opstellen.
-
Bevindingen samenvatten in beknopte technische rapporten en bijdragen aan proof-of-concept-demonstraties voor wetenschappelijke AI-evaluatie-initiatieven.
Wat we zoeken:
-
PhD (lopend of afgerond) in computationele biologie, structuurbiologie, bio-informatica, biochemie, eiwitengineering of een nauw verwante discipline.
-
Praktijkervaring op ten minste één hoofdgebied: computationeel eiwitontwerp, voorspelling van eiwitstructuren, moleculaire modellering of eiwitengineering.
-
Goed begrip van eiwitvouwing, relaties tussen eiwitstructuur en -functie, moleculaire interacties en sequentie-structuuroptimalisatie.
-
Praktische vertrouwdheid met tools voor computationeel eiwitontwerp en structuuranalyse, zoals RFdiffusion, ProteinMPNN, AlphaFold, Rosetta, PyMOL of ChimeraX.
-
Sterke programmeervaardigheden in Python, met ervaring in het ontwikkelen of uitvoeren van workflows voor computationele biologie.
-
Ervaring met het werken met dataformaten voor eiwitsequenties en -structuren, zoals FASTA, PDB en mmCIF.
-
Het vermogen om eiwitstructuren te evalueren, computationele voorspellingen te interpreteren en de wetenschappelijke validiteit van gegenereerde ontwerpen te beoordelen.
-
Sterke analytische en probleemoplossende vaardigheden, met het vermogen om zelfstandig experimenten te ontwerpen, resultaten te evalueren en technische beperkingen te identificeren.
-
Uitstekende schriftelijke communicatievaardigheden voor het documenteren van wetenschappelijke bevindingen, evaluatiemethodologieën en technische rapporten.
Pluspunten:
-
Ervaring met generatieve AI-modellen of op diffusie gebaseerde modellen voor eiwitontwerp, met name RFdiffusion of vergelijkbare benaderingen.
-
Praktijkervaring met de novo-eiwitontwerp, het ontwerpen van eiwitbinders, motif scaffolding of enzymengineering.
-
Ervaring met optimalisatie van eiwitsequenties, structurele verfijning, eiwit-eiwitdocking of computationele affiniteitsbeoordeling.
-
Vertrouwdheid met computationele screening, benchmarking van eiwitontwerp en geautomatiseerde evaluatiepipelines.
-
Ervaring met het ontwikkelen van wetenschappelijke evaluatietaken, scoringsrubrics, referentieoplossingen of reproduceerbare computationele benchmarks.
-
Ervaring met het evalueren van door AI gegenereerde biologische structuren, wetenschappelijke foundation models of generatieve systemen voor eiwitontwerp.
-
Onderzoekservaring op het gebied van computationele eiwitengineering, moleculaire simulaties of structurele bio-informatica.
-
Publicaties, onderzoeksbijdragen of ervaring met open-sourceontwikkeling in computationele biologie of eiwitontwerp.
-
Eerdere ervaring met AI-training, wetenschappelijke modelevaluatie, het ontwikkelen van technische proof-of-concepts of onderzoekssamenwerkingen.
Verwachte opleveringen:
-
Een samengestelde verzameling reproduceerbare evaluatietaken voor computationeel eiwitontwerp, met duidelijk gedefinieerde invoer, verwachte uitvoer en objectieve scoringsrubrics.
-
Computationele analyse van door AI gegenereerde eiwitontwerpen, waarin structurele kwaliteit, biologische plausibiliteit, beperkingen van het model en mislukte gevallen worden gedocumenteerd.
-
Een beknopt technisch rapport waarin de evaluatiebevindingen worden samengevat, ondersteund door een proof-of-concept-demonstratie voor een mogelijk wetenschappelijk AI-evaluatiepartnerschap.
-
Details van het aanbod:
-
Vereiste inzet: Ten minste 4 uur per dag en 40 uur per week, met 4 uur overlap met PST.
-
Type dienstverband : Opdracht als contractor (geen medische dekking of betaald verlof)
-
Duur van het contract : 1 maand; [verwachte startdatum is volgende week]
-
Locatie : India, Pakistan, Nigeria, Kenia, Egypte, Ghana, Bangladesh, Turkije, Mexico